Fakultas Teologi Universitas Kristen Indonesia Tomohon (F.Teol. UKIT) sebagai lembaga pendidikan formal teologi, memiliki sejarah yang panjang dalam perjalanan pendidikan di Minahasa. Cikal bakal pendidikan formal ini dimulai dengan berdirinya Sekolah Pembantu Penginjil pada 1 November 1868 di daerah ini. Sekolah tersebut berlangsung hingga tahun 1886. Sebagai kelanjutannya, didirikanlah School tot Opleiding van Inlandse Leeraaren (STOVIL) yang bertahan selama 56 tahun (1886-1942).
Selama pendudukan Jepang, pendidikan formal teologi mengalami kekosongan. Setelah Perang Dunia II usai, yakni antara tahun 1946-1950, pendidikan ini dapat terselenggara kembali lewat Sekolah Pendeta. Kemudian, sejak tahun 1950-1954/55, Sekolah Pendeta ini berubah menjadi Sekolah Theologia. Kemudian terjadi penyatuan penyelenggaraan pendidikan teologi di Indonesia bagian timur yang berpusat di Soe’, Nusa Tenggara Timur yang kemudian dipindahkan ke Makassar, maka Sekolah Theologia ini ditutup. Untuk mengisi kekosongan penyelenggaraan pendidikan ini di tanah Minahasa, maka pada tahun 1957 dibuka Pendidikan Guru Agama (PGA) di Tomohon sampai tahun 1959. Mengingat semakin dibutuhkannya tenaga pendeta berpendidikan tinggi teologi, maka sejak tahun 1960 didirikan Akademi Theologia yang berlangsung sampai tahun 1965.
Sementara itu, seusai pergolakan Permesta awal tahun 1960-an, kebutuhan akan pendeta berpendidikan tinggi dengan gelar kesarjanaan mulai mengemuka. Berdasarkan pertimbangan yang matang dan visioner, Ds.A.Z.R. Wenas, pemimpin GMIM pada waktu itu, pada tanggal 7 Oktober 1962 didirikanlah Perguruan Tinggi Theologia (PTTh) di Tomohon. PTTh ini memiliki visi meningkatkan pelayanan gereja agar mampu menjawab tantangan zaman, karenanya ia memiliki misi untuk mendidik dan memperlengkapi pemuda-pemudi yang terpanggil menjadi pendeta yang handal. Ketika Universitas Kristen Indonesia Tomohon (UKIT) diresmikan pada tanggal 20 Februari 1965, dalam rangka keterbukaan teologi pada studi interdisiplin, maka PTTh diintegrasikan ke dalam UKIT menjadi Fakultas Theologia. Sejak 7 Oktober 1962 sampai sekarang, Fakultas Teologi UKIT dipimpin oleh berturut-turut : Pdt. William Langi, S.Th (1962-1970), Pdt. Adrina Lala, M.Th (1970-1971), Pdt. William Langi,M.Th (1972-1975), Pdt. Kelly Herman Rondo,S.Th (1976-1979), Pdt. Hengky Ernst Momongan,S.Th (1979-1980), Pdt. Sientje Ervin Merentek-Abram,M.Th (1980-1983), Pdt. William Langi,M.Th (1984-1989), Prof.Drs. John Lengkong (1989-1991), Pdt. Junius Pontororing,M.Th (1991-1993), Pdt. Josef Manuel Saruan.D.Theol (1993-1996), Pdt.Dr. Laurens H. Paat (1996-1999), Pdt. Adriana Lala,D.Theol (1999-2002).
Pada tahun 1983 Fakultas Teologi mendapatkan Surat Keputusan dari Direktur Jenderal Bimbingan Masyarakat (Kristen) Protestan Nomor : 64 Tahun 1983 yang memberikan Status Terdaftar untuk Jurusan Pendidikan Agama Kristen. Status terdaftar ini diperkuat lagi dengan keluarnya SK Direktur Jenderal Bimbingan Masyarakat (Kristen) Protestan Departemen Agama RI Nomor : 61 Tahun 1986 tentang Pemberian Status Terdaftar Jurusan Pendidikan Agama Kristen. Dengan terbitnya SK ini maka Fakultas Teologi memiliki dua jurusan yaitu Jurusan Teologi dan Jurusan Pendidikan Agama Kristen.
Dalam menjawab kebutuhan akan guru-guru agama berpendidikan tinggi teologi di awal tahun 1990-an, maka pada tahun 1991 Fakultas Teologi dimekarkan oleh Badan Pengurus Yayasan Perguruan Tinggi Kristen (BP YPTK) GMIM menjadi dua fakultas yaitu Fakultas Teologi yang dipimpin oleh Pdt.J.A.Pontororing,M.Th dan Fakultas Pendidikan Agama Kristen (PAK) oleh Pdt. Marthinus Markus Maurits Lengkong, M.Th. Pemekaran ini berlangsung hanya dalam kurun waktu lima tahun, di mana tahun 1996 Fakultas PAK diintegrasikan kembali ke dalam Fakultas Teologi menjadi satu program studi. Penyatuan kembali dua fakultas ini didasarkan baik pada Statuta UKIT maupun pemahaman bahwa kedua bidang studi ini tidak harus dipisahkan. Dengan penyatuan ini maka Fakultas Teologi kembali mempunyai dua jurusan yaitu Jurusan Teologi Kristen Protestan yang berpayung hukum di bawah DIKTI DIKNAS melalui KOPERTIS Wilayah IX Sulawesi dan Jurusan Pendidikan Agama Kristen yang berpayung hukum di bawah Bimbingan Masyakarat Kristen Protestan Departemen Agama RI.